Provizyon alınan hizmet ve malzemeleri içeren faturanın kesilmesi, geri ödeme kuruluşu tarafından bu faturaların kontrol edilmesi ve gerekli durumlarda faturanın yeniden düzenlenmesi hem geri ödeme kuruluşuna personel yükü oluşturmakta, hem de süreci uzatarak hizmet sunucu ödemesinin yapılmasını geciktirmektedir. Bunun yanında, en önemli sorun ise, "tüm faturaların tüm kalemlerinin" tek tek kontrolü yapılamamakta, bu da geri ödeme kuruluşunun daha fazla ödeme yapması ile sonuçlanmaktadır.

Tüm bu sorunların ortadan kaldırılmasına yönelik olarak geliştirilmiş olan AviCenna e-Fatura Sistemi, faturanın öncelikli olarak elektronik ortamdan gönderilmesini sağlar. Otomatik olarak onaylanmasının ardından, geri ödeme kurumuna kesilen faturanın bir seferde son fatura olmasını sağlamaktadır. Fatura girişi güvenli web arayüzü kullanılarak yapılabileceği gibi, sisteme entegre olan hastanelerin HBYS'leri tarafından da gönderilmesi sağlanarak hatalardan arındırılmış olmaktadır.